COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.513720
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.656700
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.704360
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.687761
2021-04-13 17:00:00 15.336801 15.336801 17.100761
2021-04-12 17:00:00 19.542433 19.542433 17.705797
2021-04-11 17:00:00 18.437723 18.437723 18.096193

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.664742
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 13.169830
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 13.394933
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 13.310229
2021-04-13 17:00:00 10.970996 10.970996 12.945536
2021-04-12 17:00:00 12.605042 5.758157 12.433786
2021-04-11 17:00:00 17.417619 17.417619 12.405238

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 24.215247 29.649966 25.927682
2021-04-16 17:00:00 16.923077 23.687752 25.904817
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 25.938959
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.675451
2021-04-13 17:00:00 26.111908 26.111908 25.558685
2021-04-12 17:00:00 33.632287 10.653409 25.419320
2021-04-11 17:00:00 33.512786 33.512786 25.284389

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 17.004138
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 17.013587
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 17.197866
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.970787
2021-04-13 17:00:00 15.619924 15.619924 16.953937
2021-04-12 17:00:00 15.096860 31.863727 16.918975
2021-04-11 17:00:00 22.851638 22.851638 16.982677

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 14.345714
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 14.425520
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 14.474959
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 14.459120
2021-04-13 17:00:00 16.935568 16.935568 14.957474
2021-04-12 17:00:00 21.025485 21.025485 15.222982
2021-04-11 17:00:00 21.977240 21.977240 15.345852

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 33.562310
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 34.420151
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 34.160372
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 33.793454
2021-04-13 17:00:00 28.597450 28.597450 33.397526
2021-04-12 17:00:00 62.896175 37.069243 34.492252
2021-04-11 17:00:00 37.524054 37.524054 35.144695

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 11.299626
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 11.640222
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 12.045819
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 12.324942
2021-04-13 17:00:00 10.409652 10.409652 13.201238
2021-04-12 17:00:00 17.484009 17.484009 13.625460
2021-04-11 17:00:00 13.445378 13.445378 14.088796

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 7.033044
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 7.015263
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.941498
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.839662
2021-04-13 17:00:00 6.584083 6.584083 6.755998
2021-04-12 17:00:00 14.390742 5.551762 6.733194
2021-04-11 17:00:00 8.526777 8.526777 6.738395

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 14.061524
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 14.157801
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 14.151494
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 14.298956
2021-04-13 17:00:00 10.153846 10.153846 14.428671
2021-04-12 17:00:00 14.312442 14.312442 14.813903
2021-04-11 17:00:00 16.222760 16.222760 15.116533

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 28.359179
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 28.558301
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 28.558144
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 29.016245
2021-04-13 17:00:00 35.098632 22.476386 28.246172
2021-04-12 17:00:00 21.362760 52.089136 28.148246
2021-04-11 17:00:00 25.549390 25.549390 28.338397

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 12.909107
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.171214
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.478047
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.316621
2021-04-13 17:00:00 10.979228 10.979228 12.866594
2021-04-12 17:00:00 11.623037 4.530612 12.734096
2021-04-11 17:00:00 16.804636 16.804636 12.777955

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 8.198388
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 8.158476
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 7.824108
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 7.398251
2021-04-13 17:00:00 0.000000 17.317073 6.899489
2021-04-12 17:00:00 8.615385 8.615385 6.496631
2021-04-11 17:00:00 5.837174 5.837174 6.238903

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 4.470025
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 4.659651
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 4.916667
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.278710
2021-04-13 17:00:00 5.870445 5.870445 5.291312
2021-04-12 17:00:00 4.810997 1.107595 5.517566
2021-04-11 17:00:00 8.105148 8.105148 5.782792

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 39.121088
2021-04-16 17:00:00 43.150685 38.768116 39.963650
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 41.326146
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 41.650122
2021-04-13 17:00:00 42.960289 42.960289 42.626961
2021-04-12 17:00:00 27.586207 38.432836 42.670953
2021-04-11 17:00:00 40.259740 40.259740 43.313560

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 18.671416
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 19.083217
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 19.413189
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 19.551135
2021-04-13 17:00:00 15.349985 15.349985 19.857972
2021-04-12 17:00:00 21.052632 19.621236 20.280184
2021-04-11 17:00:00 24.900181 24.900181 20.693567

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 43.858153
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 43.021910
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 43.298207
2021-04-14 17:00:00 63.077575 63.077575 41.194268
2021-04-13 17:00:00 44.994333 44.994333 41.883391
2021-04-12 17:00:00 28.506471 28.506471 41.368995
2021-04-11 17:00:00 34.899846 34.899846 41.827369

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.029720
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.073721
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 8.973479
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.282851 8.999659
2021-04-13 17:00:00 9.470026 9.470026 9.018809
2021-04-12 17:00:00 11.880805 11.880805 9.139793
2021-04-11 17:00:00 9.964893 9.964893 9.169108

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 13.480206
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.551864
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.553059
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 13.964793
2021-04-13 17:00:00 12.817188 12.817188 14.385386
2021-04-12 17:00:00 14.361496 14.361496 14.947948
2021-04-11 17:00:00 15.577191 15.577191 15.710839

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 13.853904
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 13.913428
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 13.837908
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 13.771411
2021-04-13 17:00:00 12.172553 15.124462 13.481864
2021-04-12 17:00:00 17.866067 13.848186 13.580703
2021-04-11 17:00:00 15.082696 15.082696 13.743071

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 16.998139
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 17.705040
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 18.212057
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 18.347706
2021-04-13 17:00:00 13.053892 13.053892 18.167342
2021-04-12 17:00:00 24.390244 17.600000 17.802768
2021-04-11 17:00:00 22.765599 22.765599 18.006032

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 29.912396
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 29.825985
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 29.109522
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 27.551714
2021-04-13 17:00:00 21.719457 21.719457 27.343247
2021-04-12 17:00:00 52.459016 52.459016 28.081877
2021-04-11 17:00:00 24.137931 24.137931 28.416970

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 23.870084
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 24.341732
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 24.382629
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 24.190241
2021-04-13 17:00:00 23.832659 23.832659 24.214395
2021-04-12 17:00:00 23.128448 23.128448 24.401534
2021-04-11 17:00:00 25.776857 25.776857 24.759995

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.849901 11.849901 12.664742
Basilicata 24.215247 29.649966 25.927682
Calabria 13.841642 13.841642 17.004138
Campania 12.663830 12.663830 14.345714
Emilia-Romagna 28.271151 28.271151 33.562310
Friuli Venezia Giulia 4.985526 4.985526 11.299626
Lazio 7.494833 7.494833 7.033044
Liguria 13.986928 13.986928 14.061524
Lombardia 28.326658 28.326658 28.359179
Marche 13.727858 13.727858 12.909107
Molise 6.483301 6.483301 8.198388
P.A. Bolzano 5.873606 5.873606 4.470025
P.A. Trento 29.931973 29.931973 39.121088
Piemonte 15.130313 15.130313 18.671416
Puglia 46.564885 46.564885 43.858153
Sardegna 8.648649 8.648649 9.029720
Sicilia 12.284015 12.284015 13.480206
Toscana 13.050386 13.050386 13.853904
Umbria 13.043478 13.043478 16.998139
Valle d'Aosta 23.750000 23.750000 29.912396
Veneto 24.371273 24.371273 23.870084

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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